Sistem pembelajaran di Kolej Islam Sultan Alam Shah adalah mengikut kurikulum yang ditetapkan oleh Kementerian Pelajaran Malaysia. Para pelajar yang masuk ketika tingkatan empat diwajibkan untuk menduduki. Selain daripada tiga peperiksaan konvensional, para pelajar juga boleh memilih untuk mengambil satu peperiksaan dalaman khas iaitu Sijil Khas Kolej (SKK), namun peperiksaan ini wajib untuk pelajar aliran Agama Ikhtisas.

Majlis Pengurusan Kolej Islam Sultan Sultan Alam Shah adalah seperti berikut:-

Pengetua  : Tuan Haji Omar bin Salleh

Penolong Kanan Pentadbiran & Akademik : Encik Mohd Nordin bin Mohd Tohir

Penolong Kanan Hal Ehwal Murid  : Puan Hajah Rashidah Nor Binti Shamsudin

Penolong Kanan Kokurikulum  : Encik Mohd Azlan bin Abd. Aziz

Penolong Kanan Tingkatan 6  : Tuan Haji Abdullah bin Hassan

Ketua Jabatan Bahasa  : Puan Salma binti Man

Ketua Jabatan Pengajian Islam  : Puan Zaidah Binti Abdul Kadir

Ketua Jabatan Sains & Matematik  : Puan Farhanah binti Abdullah

Ketua Jabatan Kemanusiaan  : Puan Aznora binti Mohd Kamal

Ketua Jabatan Teknik & Vokasional  : Puan Nik Norlan Binti Ab Rahman